北宋建炎二年(1128)秋,金兵进逼,宋高宗率王室从归德南下渡江,三年春逃至临安(今杭州)。山东曲阜袭封衍圣公的孔子第48代裔孙孔端友及其从父孔传,率部分族人奉孔子和亓官夫人楷木像跟随王室南下。后宋廷赐居衢州,并于绍兴六年(1136)以衢州州学作为孔氏南宗家庙,按南宗人口计赐粮田,免租税,以供祠祀家庙和赡养幼老孤寡。绍兴八年,又赐田5顷,供奉祀。此后,历朝屡有赐田资助事宜。
宋宝祐元年(1253),衢州知州孙子秀申报,朝廷拨款36万缗,于城北菱湖畔建家庙达200余楹、规模略同曲阜。宋末,家庙毁于兵燹。改迁城南崇文坊另建。其后,因孔洙让爵于北宗,南宗家庙一度被朝廷冷落,复建家庙事被搁。
明洪武十九年(1386)南宗祀田被抄没入官,直至正统十年(1445)才发还。弘治十八年(1505)衢州知府沈杰为家庙荒废事申奏明廷,意见被采纳,于正德元年(1506)授予孔子59世孙孔彦绳为翰林院五经博士,主持南宗家庙奉祀事,子孙世袭。正德十四年,彦绳子孔承美封第二代五经博士。次年,孔承美会同巡按御史唐凤仪、布政使何天衢等,以城南家庙颓敝不堪,选址于先义坊原西安县学宫旧址(今新桥街46号)重建,规模比城南原址宏伟,并建有孔府,占地4700平方米,以后,屡加葺修,其中道光元年(1821)进行过一次大修扩建,将思鲁阁从大成殿后面移于西北隅,将大成殿基增高5尺,部分楹柱改木为石。
抗日时期,日军两度侵衢,家庙大部破坏。民国三十五年,国民政府曾拨款重修。
1965年,县人民政府公布孔氏家庙为县级重点文物保护单位。1982年,省人民政府和县级市人民政府拨款重修,现家庙面貌焕燃一新,已经对国内外游客开放。
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